一种提高PCR反应特异性的方法是调整PCR循环的参数。在降落PCR中,前面几个循环的退火温度设定为比引物的最高熔解温度(Tm)再高几度。
较高的温度有助于避免产生引物二聚体及非特异性引物-模板复合物的形成,因此可减少不希望出现的扩增。因此,在PCR起始阶段提高退火温度,可减少非特异性PCR产物,增加特异性扩增。
需要注意的是,虽然较高的退火温度能够防止引物二聚体形成和非特异性引物结合,但同时也可能加剧引物与目的序列的解离,从而降低PCR得率。为克服这一问题,在最初几个循环中,通常会将每个循环的退火温度降低1°C,以获得足量的目标扩增子。
一旦退火温度达到或“降落”至最佳温度(通常比最低引物Tm低3-5°C),剩下的循环都维持此退火温度。通过这种方法,在PCR过程中,所期望的PCR产物得到有选择性的增加,同时保证很少或不发生非特异性扩增。
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