多重PCR可在同一PCR反应管中同时扩增多个不同的片段。多种PCR不仅意味着节省时间、试剂和样品，还能够同时对比多个扩增子。

血糖亲水薄膜

当一个PCR管中有多个引物对时，如在多重PCR中，因无法仅针对一个引物对或目的片段进行反应优化，而是要考虑到所有引物和靶标，所以可能会出现非特异性扩增和效率降低。因此，为尽量减少由非特异性扩增导至的错配，应对引物进行精心设计。

首先，引物序列应尽可能与其目的序列一一对应，并且所有引物的 Tm相差不应超过5°C。在多重PCR开始前，应利用单个PCR反应验证每个引物对的特异性和扩增效率。

吸湿铝箔

此外，扩增子应具有不同的大小，从而能够通过凝胶电泳对其进行分离鉴定。除了引物设计和扩增子大小，使用热启动DNA聚合酶和专为多重PCR设计的缓冲液也将有助于获得成功的PCR结果和提高反应特异性。

尽管多重PCR常作为终点法PCR，但由于其在多重标记和检测中的能力 ，将其用于实时荧光定量PCR也变得越来越流行。另外，多重实时荧光定量PCR也常被用于遗传标志物的检测，用于人类身份鉴定。