目前,新冠疫情在全球席卷开来,对于如何确认是否感染,使用体外诊断核酸检测方法仍是不可或缺的手段。体外诊断,是指在人体之外,通过对人体样本(血液、体液、组织等)进行检测而获取临床诊断信息,进而判断疾病或机体功能的产品和服务。
而检测人体样本的关键步骤之一,即是样本中的核酸(DNA和RNA)纯化。核酸纯化的方法是影响所提取核酸质量的重要因素,只有高质量的核酸才能满足下游的各种应用。核酸是分子生物学的基础,而核酸提取是核酸检测,乃至于整个分子行业绕不过去的门槛,很多时候一份样本的核酸提取的好坏直接决定了检测结果的有效性。
(一)核酸的基础知识
核酸分为脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA),其中RNA又可以根据功能的不同分为核糖体RNA(r RNA),信使RNA(m RNA)和转移RNA(t RNA)。DNA主要集中在细胞核内,线粒体和叶绿体中,而RNA主要分布在细胞质当中。
(二) 为什么需要核酸提取?
核酸提取为大量广泛研究和应用提供了答案(例如:克隆、qRT-PCR和全基因组、转录组范畴中的二代测序技术),获得的核酸可以多种方式进行应用。准确的研究目的,决定了要提取的核酸类型;核酸的应用往往影响提取方法的选择。(例如:标准的End-point PCR反应,不需要与全基因组测序实验相同的DNA质量)为了确定最佳的研究方法,有必要清楚了解核酸的下游应用以及任何与样品类型相关的潜在限制。(例如,临床样品采集量往往有限,核酸提取存在挑战。)虽然依据样品类型,细胞裂解方式不同,但整体的核酸提取核心原则不变:细胞或组织样品裂解,去除非核酸污染物(例如,蛋白质等)。
(三)核酸提取纯化原则和要求
1、保证核酸一级结构的完整性
2、排除其它分子的污染(如提取DNA时排除RNA的干扰)
3、核酸样品中不存在对酶有抑制作用的有机溶剂和过高浓度的金属离子;
4、其它生物大分子如蛋白质、多糖和脂类分子的污染应降到最低程度;
5、排除其它核酸分子的污染,如提取DNA分子时应去除RNA,反之亦然。
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